La palabra palacio aplicada a la sede principal de las oficinas del gobierno sugiere una reminiscencia europea que data de la época de la Colonia; algunos autores señalan que el actual Palacio Nacional (en la ciudad de México), fue edificado sobre el antiguo palacio de Moctezuma, de ahí que indígenas y españoles siguieran llamando con ese nombre a la sede del poder.

El 24 de noviembre de 1902, el presidente Porfirio Díaz decretó la creación del Territorio Federal de Quintana Roo, señalando en dicho decreto a Santa Cruz de Bravo (antes Chan Santa Cruz, hoy Felipe Carrillo Puerto) como la capital del nuevo Territorio y su primer Jefe Político el general José María de la Vega.

Debido a que en los hechos aún continuaba la Guerra de Castas, y los militares federales únicamente controlaban el territorio que pisaban, la verdadera capital y sede de la comandancia militar fue el Campamento Vega, situado en la bahía de la Ascención. Al asumir el cargo de Jefe Político el general Ignacio A. Bravo trasladó la sede del poder y su cuartel general a Santa Cruz de Bravo.

En 1913, Venustiano Carranza, jefe del Ejército Constitucionalista, decretó desde Piedras Negras, Coahuila, la desaparición del territorio federal de Quintana Roo y su anexión a Yucatán, anexión que nunca se realizó de manera total. Durante los dos años que dura la “anexión” a Yucatán, fueron cinco los comandantes militares y al mismo tiempo gobernadores de Quintana Roo, que realizaron sus funciones en el cuartel de Santa Cruz de Bravo. A principios de junio de 1915, antes de que Venustiano Carranza decretara que Quintana Roo volvía a ser territorio federal segregado de Yucatán (26 de junio); el general Salvador Alvarado comandante militar constitucionalista en el sureste, se trasladó a Santa Cruz de Bravo, donde se reunió con los jefes cruzob y les hizo entrega de la población que había sido su santuario; evacuó tropas y a la población civil blanca, y estableció en Payo Obispo la capital del pronto nuevamente territorio. A partir de entonces el control político tuvo su sede en Payo Obispo, hoy Chetumal.

Carlos A. Vidal designado en ese año gobernador y comandante militar del territorio, cumplió sus funciones en la sede de la Flotilla del Sur, institución naval fundada a principios de siglo, y fungiendo durante 18 años esta construcción de madera como el primer Palacio de Gobierno de Quintana Roo. Hacia 1935, el gobernador general Rafael E. Melgar comenzó la edificación de un nuevo palacio, esta vez de piedra, al que se le conoció como Palacio Federal, ya que Quintana Roo estaba bajo el dominio del gobierno federal.

Con Melgar llegaron las obras reformistas del gobierno de Lázaro Cárdenas, impulsándose las cooperativas y la obra pública, surgieron en Chetumal (ciudad rebautizada el 28 de septiembre de 1936), edificios de cal y piedra, de techos muy altos, largas ventanas y puertas, columnas muy derechas con apenas insinuados capiteles, muy geométricos y siguiendo las líneas del trazo general.

El proyecto del Palacio era estilo ArtDecó, ubicado sobre los mismos terrenos de la Flotilla del Sur, el proyecto en sus orígenes era un enorme edificio de tres plantas; por la suavidad del terreno y su cercanía a la bahía fue necesario construir pilotes de hasta diez metros de profundidad con bastante acero para buscar un asiento capaz de soportar su estructura.

La planta ocupa una manzana completa sobre su frente sur, y media sobre su lado oriente. Las obras de este Palacio Federal se construyeron con fondos proporcionados por el gobierno nacional; administrados por el gobernador y en otros casos con la ayuda de los propios recursos territoriales.

Durante el gobierno de Melgar sólo se logró terminar la primera planta. Margarito Ramírez, designado gobernador por el presidente Avila Camacho, y cuyo período abarcó de 1944 a 1957, fue quien terminó la segunda y tercera plantas, siendo también el primero en habitarlo, ya que la tercera planta del palacio fue destinada para vivienda del gobernante. En el primer piso funcionaban las Aduanas y Capitanía de Puerto; la del Cuerpo de Celadores; la Pagaduría Civil Regional; la Delegación Censal; de Telégrafos; de Inmigración y la de Correos; el Juzgado de Paz y el Departamento de Conciliación y Arbitraje. En el segundo piso: el Despacho del Gobernador y del Secretario General.

Poco a poco las dependencias federales fueron desocupando sus oficinas en Palacio de Gobierno e instalando las propias en diversos puntos de la ciudad. En los siguientes 27 años el Palacio de Gobierno no sufrió mayores cambios. En octubre de 1974, Quintana Roo se convirtió en Estado libre y soberano, y la propiedad del Palacio fue transferida al gobierno de la entidad. A partir de entonces ha sido objeto de remodelaciones en su interior, modernizándose sus oficinas y cambiando de uso algunos espacios.

Durante la gestión de David Gustavo Gutiérrez Ruiz, se inició la construcción de una casa para el gobernante, misma que fue inaugurada el 5 de abril de 1978, por el primer gobernador electo del naciente estado: Jesús Martínez Ross. Originalmente se le llamó “Casa de Visitas” ya que se utilizaba para recibir a los visitantes distinguidos. El primero en habitarla fue el siguiente gobernador Pedro Joaquín Coldwell y a partir del entonces se le llamó “Casa de Gobierno”. De la fachada original del Palacio de Gobierno sólo ha cambiado el diseño de puertas y ventanas, y en el lugar del antiguo escudo del Territorio, se colocó el del Estado.

En el costado oriente se pintó un enorme mural con la técnica de espátula, obra del ameritado pintor, originario de Tijuana, Baja California, Nereo de la Peña, que representa la integración a la cultura maya de Gonzalo Guerrero considerado el padre del mestizaje.

Sobre los antiguos patios de Palacio se construyó en 1978, un anexo para oficinas de gobierno, en donde no se respetó la arquitectura original. El salón más sobresaliente de Palacio de Gobierno es el denominado “Cuna del Mestizaje”, ubicado en la segunda planta, contiguo a la oficina del gobernador, destinado a eventos públicos y a reuniones de gabinete.

El nombre lo recibe por una colección de cuadros del pintor chetumaleño Elio Carmichael, en los que se describe la epopeya de Gonzalo Guerrero desde su arribo accidental a esta zona, su encuentro con la cultura maya, su matrimonio con una mujer principal de la provincia prehispánica de Chatecmal, el nacimiento de sus hijos, primeros mestizos producto de un matrimonio legitimado por el culto indígena y finalmente su renuncia a la cultura occidental, a sus compatriotas y su arraigo a esta tierra.

De 1978 a la fecha, el Palacio de Gobierno no ha tenido remodelaciones importantes, sí en cambio reorganizaciones de espacios y cambios de decoración de interiores. Uno de los más importantes fue la reubicación de las oficinas correspondientes al Tribunal Superior de Justicia en 1997, en el Palacio de Justicia; en las oficinas que antes pertenecieron al Tribunal Superior de Justicia, se reubicó a la Secretaría de Gobierno, y el espacio dejado por ésta se utilizó para ampliar el salón Cuna del Mestizaje; en su totalidad, la segunda planta es ocupada por el gobernador y su personal más cercano.